Мадара родился в могущественном клане Учиха в те далекие времена, когда еще даже не были созданы деревни шиноби вроде Конохагакуре, а стычки между кланами были ежедневным занятием. Уже в детстве мальчик потерял всех своих братьев кроме своего младшего брата, Учихи Изуны, этих братьев считали одних из самых талантливых членов клана Учиха; у самого же Мадары руки уже были по локоть в крови клана Сенджу - другого сильнейшего клана, который был главным противником Учиха. Именно это противостояние сделало из мальчика того, кем он является - оно же судьбой назначило его встречу с Сенджу Хаширамой, о которой позже пойдет речь.
Однажды в детстве Мадара находился возле реки и играл в обычную игру "блинчики", запуская камни по воде так, чтобы те долетели до другого берега. Первый бросок оказался неудачным, а второй.... Второй бросок был прерван кем-то другим, сумевшим перебросить камень через реку на другой берег. И, как вы думаете, кто это был? Верно, это был маленький на тот момент Хаширама, который оказался соперником по игре в "блинчики", и, очевидно, он выигрывал на текущий момент, ведь его камень уже на том берегу.
После того, как Хаширама представился Мадаре, хотя фамилию не стал называть поскольку в то военное время это было очень опасно, второй сделал еще одну попытку перебросить камень через реку - безрезультатно. Тогда он "наорал" и в то же время извинился перед своим соперником, но их милую беседу прервал мертвый шиноби, который упал прямо в реку. Хаширама подбежал к тому шиноби, показывая, что он тоже является ниндзя. После этого непредвиденного обстоятельства Мадара также назвал свое имя, но не фамилию, и они распрощались. Это была их первая встреча.
Спустя какое-то время они вновь встретились в том же самом месте - Хаширама сидел на берегу и оплакивал своего погибшего брата. Учиха понимал Сенджу, его чувства, так как у него самого уже погибло четыре брата, что он и озвучил. И тогда же он сказал то, что он об этом думает - он также хотел прекратить все эти бесчисленные войны и детские смерти, хотел открыться своим противникам и сделать союз. Он понимал, что это невозможно, но надеялся, что выход все же отыщется. И это желание изменить мир помогло ему перебросить камень через реку на другой берег.
С того дня их встречи стали постоянными, хотя они по-прежнему скрывали свои фамилии. Они обсуждали свое будущее, показывали друг друг свои техники, сражались друг с другом - словом, делали все, чтобы стать сильнее, ведь для того, чтобы изменить мир, нужно чтобы тебя слушали другие, а без силы этого не добиться. Тогда же Мадара чуть не рассказал о своем шарингане, но все обошлось. Они обсудили всё о своей деревне - даже то, что она будет построена в месте, где они встречались.
После очередной их встречи они, стоя на разных берегах реки, кинули друг другу свои камешки, чтобы в следующий раз их обратно вернуть. По возвращению домой Мадара узнает от своего отца, что Хаширама из клана Сенджу, и ему нужно будет узнать от него информацию о клане Сенджу, а в худшем случае убить его. Отец Мадары Учиха Таджима и его брат Изуна также обещают пойти вместе с ним. Чтобы как-то предупредить своего друга о ловушке, мальчик решает вырезать на камне предупреждение. На следующий день они встречаются снова, и Учиха предлагает пускать "блинчики" друг другу в качестве приветствия, на что Хаширама соглашается. После того, как они кинули друг другу камни и поймали их, Мадара обнаруживает точно такую же надпись на камне о ловушке - тогда они "прощаются" друг с другом и бегут обратно, откуда пришли. Однако их родители и братья поступают иначе - они, намереваясь убить или захватить "беззащитного" члена вражеского клана, встречаются друг с другом.